Le Secrétariat joue un rôle central dans la structure de l'Observatoire. Dirigé par une Directrice exécutive, Mme Aurora Ailincai, sous la responsabilité de la Secrétaire Générale du Conseil de l'Europe, il assure le fonctionnement quotidien de l'Observatoire et le soutien organisationnel aux travaux des organes statutaires.

En particulier, le Secrétariat est chargé de :

• préparer et de mettre en œuvre les programmes d'activités annuels et à moyen terme de l'Observatoire ;
• préparer les réunions du Comité de direction et du Conseil scientifique consultatif et faciliter la coopération et les liens entre les deux organes statutaires ;
• développer la notoriété de l'Observatoire en communiquant sur ses activités, en assurant sa visibilité dans toutes les sphères pertinentes, ainsi qu'en fournissant des informations utiles aux pays intéressés par l'adhésion à l'Accord partiel ;
• assurer la coordination des activités de l'Observatoire avec d'autres programmes du Service de l’Éducation, en particulier avec le programme intergouvernemental sur l'enseignement de l'histoire;
• développer des contacts externes et soutenir les partenariats avec les organisations et réseaux pertinents, tant au niveau local qu'européen.

Le Secrétariat de l'Observatoire fait partie de la Division de l'enseignement de l'histoire au sein du Service de l'éducation et est situé au siège du Conseil de l'Europe à Strasbourg. 

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