Dans les années 1960, la Conférence se préoccupe avant tout des effets de la construction européenne sur les collectivités locales, mais s’intéresse aussi aux problèmes du logement et des rénovations urbaines. Elle cherche à encourager le sentiment européen dans les villes, notamment à travers les jumelages. Visionnaire dans ses thèmes, mais aussi dans ses conceptions politiques, par exemple en matière de subsidiarité et de décentralisation, elle sera la première à proposer, en 1978, une définition européenne des régions. Elle montre que celles-ci  peuvent contribuer à un développement harmonieux de l’Europe, tant au niveau politique qu’économique. Ses travaux sont à l’origine de la convention européenne sur la coopération transfrontalière qui permet aux régions frontalières, à partir de 1980, de commencer à travailler ensemble autour d’objectifs précis.

Dans le même temps, la CPLRE souhaite qu’une charte européenne garantisse les droits et les missions des collectivités locales face aux Etats. Préparée dès 1981, la Charte européenne de l’autonomie locale est adoptée par le Comité des Ministres en 1985, sous la forme juridique d’une convention, et entre en vigueur en 1988. Adoptées en 1992, la Charte urbaine européenne, mais aussi et surtout la Charte européenne des langues régionales ou minoritaires constituent les deux autres grandes réalisations de la CPLRE, à la veille d’une évolution en profondeur de son rôle et de ses structures.

Dénommée « le Congrès », elle s’organise autour de deux Chambres, l’une pour les pouvoirs locaux et l’autre pour les régions, et se voit dotée de nouvelles missions et compétences. Les plus importantes sont le suivi de la démocratie locale et régionale dans les Etats ayant la ratifié la Charte européenne de l’autonomie locale, et l’observation des élections locales et régionales dans les Etats membres.

Le nouveau Congrès doit faire face, à l’aube des années 90, à des défis beaucoup plus larges qu’auparavant. Les anciens « pays de l’est », qui adhèrent presque tous au Conseil de l’Europe à partir de 1991, sont encore fortement centralisés et voient dans l’expertise du Congrès une aide importante pour faire évoluer leurs structures. Le Congrès s’investit aussi dans le rétablissement de la paix dans l’ex-Yougoslavie, en y agissant en particulier au niveau local, comme il le fera quelques années plus tard dans le Caucase du Sud. Il met en place, dans ces pays, des « agences de la démocratie locale » et encourage les élus locaux à dialoguer et à travailler ensemble.

Ce rendez-vous annuel paneuropéen a pour but de sensibiliser les citoyens à la vie politique locale et les invite au dialogue avec leurs élus de proximité. Un an plus tard, le Congrès adopte la « Charte Urbaine II » - Manifeste pour une nouvelle urbanité - en tenant compte des évolutions des politiques de la ville. Une nouvelle avancée est réalisée en 2009, avec l’ouverture à la signature d’un protocole additionnel à la Charte européenne de l’autonomie locale portant sur le droit de participer aux affaires des collectivités locales.

A partir de 2010, le Congrès  renforce ses actions autour de ses missions spécifiques, en premier lieu les visites de monitoring et les observations d’élections. Une nouvelle procédure, dite de post monitoring et de post observation, permet, depuis 2015, d’accompagner les autorités nationales pour une meilleure application des recommandations du Congrès à travers la signature de feuilles de route. Les programmes de coopération, lancés par le Congrès en 2011, offrent également un soutien concret  aux élus locaux et régionaux de plusieurs pays.

L’année 2013 marque l’aboutissement d’un long processus visant à établir un espace législatif harmonisé pour la démocratie territoriale européenne. Avec la ratification par Saint-Marin de la Charte européenne de l’autonomie locale, c’est désormais l’ensemble des 46 Etats membres du Conseil de l’Europe qui sont couverts par ce traité international.