Plusieurs activités de coopération sont actuellement menées par le Conseil de l’Europe dans la Macédoine du Nord. Le Conseil de l’Europe est actuellement représenté par un bureau de programme à Skopje qui a été établi pour la mise en œuvre des projets en cours.

Cinq actions sont actuellement en cours dans le cadre de la Facilité horizontale Union européenne/Conseil de l'Europe pour les Balkans occidentaux et la Turquie (HF) dans le domaine judiciaire, pénitentiaire, de la criminalité économique et de la traite des êtres humains.

La Macédoine du Nord est également bénéficiaire de quatre programmes régionaux en Europe du Sud-Est, dont trois programmes conjoints entre le Conseil de l’Europe et l’Union européenne : «Promouvoir la bonne gouvernance et l'autonomisation des Roms au niveau local (ROMACTED)» qui apporte un soutien régional à la promotion de la bonne gouvernance et de l'autonomisation des Roms au niveau local, «Approfondir les connaissances sur la dimension judiciaire de la liberté d’expression et des médias en Europe du Sud-Est (JUFREX)» qui soutient l'expertise judiciaire sur la liberté d'expression et les médias et «Coopération internationale en matière de lutte contre la Cybercriminalité (iPROCEEDS)» qui, ainsi, renforce la coopération dans le domaine de la cybercriminalité, en ciblant les produits du crime sur Internet. Le quatrième programme, financé par le Fonds fiduciaire pour les droits de l'hommeÉducation aux droits de l'homme pour les professionnels du droit, HELP»).