L'Union européenne étant le principal partenaire financier des activités de coopération du CdE, les deux organisations ont établi un partenariat très étroit depuis plus de vingt ans, en faveur d'activités fondées sur leurs valeurs communes et poursuivant leurs buts communs, qui consistent à améliorer la gouvernance démocratique, les droits de l'homme, la démocratie et l'Etat de droit, en Europe et au-delà. L'approche stratégique de ce partenariat a été récemment renforcée par la signature de la « Déclaration d’intention sur la coopération entre le Conseil de l’Europe et la Commission européenne dans la région des pays de l’élargissement de l’UE, ainsi que dans les pays du Partenariat oriental et du Sud de la Méditerranée (les pays de voisinage de l’UE) » en avril 2014.

Le Conseil de l’Europe et la Commission européenne ont signé des accords de coopération de 3 ans visant à promouvoir les droits de l’homme, l’état de droit et la démocratie.

Un accord s’élevant à 33,8 millions d’euros pour la période 2015-2017 financera des programmes conjoints dans les pays concernés par le programme de l’UE sur le Partenariat oriental, à savoir l’Arménie, l’Azerbaïdjan, le Bélarus, la Géorgie, la Moldova et l’Ukraine. Cet accord a été signé par la Secrétaire Générale Adjointe, Gabriella Battaini-Dragoni et le Directeur Michael Köhler au nom de la Commission européenne, le 18 décembre 2014 à Bruxelles.

Un autre Programme conjoint UE-CdE "Renforcer la réforme démocratique dans les pays du voisinage méridional" d’un montant de 7,4 millions d’euros pour 2015-17, a été signé quelques jours plus tard, le 22 décembre 2014.

Ces accords de coopération reflètent les résultats positifs atteints récemment grâce aux programmes conjoints. Le rapprochement du partenariat se traduit également par de nouvelles méthodes de travail, notamment l’UE confiant au Conseil de l’Europe la mise en œuvre des programmes au travers de la délégation directe d’une partie de son budget plutôt que par l’octroi de subventions de programmes spécifiques.