Le Conseil de l’Europe coopère avec intérêt avec le Monténégro, en particulier par le biais d'un programme conjoint entre l’Union Européenne et le Conseil de l’Europe (PREDIM) qui a pour but de contribuer à améliorer la protection des droits de l'homme au Monténégro en renforçant les capacités des institutions nationales pour prévenir la discrimination. En outre, six actions sont actuellement en cours dans le cadre de la Facilité horizontale Union européenne/Conseil de l'Europe pour les Balkans occidentaux et la Turquie dans le domaine judiciaire, pénitentiaire, de la criminalité économique et de l’éducation. Le Conseil de l’Europe est actuellement représenté par un bureau de programmes, qui a été établi pour la mise en œuvre des projets en cours.

Le Monténégro est également bénéficiaire de quatre programmes régionaux en Europe du Sud-Est, dont trois programmes conjoints entre le Conseil de l’Europe et l’Union européenne : (ROMACTED) qui apporte un soutien régional à la promotion de la bonne gouvernance et de l'autonomisation des Roms au niveau local, (JUFREX) qui soutient l'expertise judiciaire sur la liberté d'expression et les médias et (iPROCEEDS) qui, ainsi, renforce la coopération dans le domaine de la cybercriminalité, en ciblant les produits du crime sur Internet. Le quatrième programme, financé par le Fonds fiduciaire pour les droits de l'homme, offre une éducation aux droits de l'homme pour les professionnels du droit (programme HELP).