L’instrument officiel de la Convention de Berne permettant de fixer des normes et de produire des orientations est constitué par les « recommandations », adoptées par le Comité permanent au cours de ses réunions annuelles.

Les Recommandations soutiennent l’orientation politique développée par la Convention et demandent généralement aux Parties de prendre des mesures au niveau national, sur la base d’instruments adoptés (Plans d’action pour les espèces, Codes de conduite, Lignes directrices, etc.). Elles ne sont pas légalement contraignantes en tant que telles, mais ont un certain poids ayant été adoptées par la réunion annuelle des Parties, à laquelle les ONG peuvent participer et certifier certains développements. De plus, les recommandations du Comité permanent font souvent l’objet de révision et de suivi par le Bureau et le Comité lui-même, avec la pleine participation d’observateurs, y compris d’autres conventions et d’ONG.

Au fil des années, la Convention a développé un nombre important d’orientations sur la meilleure manière de protéger la faune et la flore sauvages et les habitats naturels d’Europe, et a également abordé le sujet des principales menaces auxquelles la biodiversité fait face. Une approche plus “stratégique” de la conservation de la nature a également été développée, en fournissant des orientations aux Parties sur de nouveaux enjeux, bien avant que ceux-ci soient “prêts” pour une approche strictement législative. La Stratégie européenne sur les espèces exotiques envahissantes de 2003 et la Stratégie européenne pour la conservation des invertébrés de 2006 sont des exemples de tels instruments.

Un rôle clé dans le cadre du développement de ces nouvelles normes revient aux Groupes d’experts thématiques constitués sous la Convention, qui couvrent notamment la conservation des espèces d’oiseaux, de plantes, de mammifères, d’invertébrés, d’amphibiens et de reptiles, le contrôle des espèces exotiques envahissantes, ainsi que les questions de conservation des habitats.