Le Secrétariat dirigé par un Directeur exécutif , placé sous la responsabilité du Secrétaire Général du Conseil de l'Europe, assure l'administration du Fonds. Il prépare les réunions du Comité et en assure le suivi. Il contrôle l'application des critères d'éligibilité relatifs aux demandes de soutien, examine et analyse ces mêmes demande en étroite relation avec les producteurs. Il suit également les projets soutenus jusqu'au remboursement de l'intégralité de l'aide versée.