Le Secrétariat, sous la responsabilité du Secrétaire Général du Conseil de l'Europe, assure l'administration du Programme Pilote.

Le Secrétariat joue un rôle essentiel dans la coordination et le fonctionnement sans faille du Programme Pilote. Ses principales responsabilités englobent la gestion des relations avec les donateurs, la supervision des propositions et évaluations de subventions, la facilitation de la communication, l'organisation des appels à projets, la gestion des flux administratifs pour les subventions attribuées et la garantie de l'intégrité financière du programme. Grâce à une coordination efficace des comités d'évaluation, en liant avec le Comité des Contributeurs, et en maintenant une supervision financière rigoureuse, le Secrétariat assure que les objectifs du programme sont atteints et que son fonctionnement est fluide.

Le Secrétariat constitue le principal point de contact pour obtenir des conseils et des informations sur la préparation d'une demande de soutien.