La Division des défis transversaux et des projets multilatéraux apporte son soutien, principalement par le biais de projets de coopération multilatérale (multi-pays, regroupant des Etats confrontés à des problèmes identiques ou similaires), aux autorités nationales, aux institutions nationales indépendantes de défense des droits humains et à la société civile, dans les Etats membres du Conseil de l'Europe et dans les pays du Voisinage, en vue de renforcer la mise en œuvre de la Convention européenne des droits de l'homme (CEDH) et d'autres instruments connexes relatifs aux droits humains, ainsi que des normes européennes relatives à l'indépendance et à l'efficacité de la justice, et à la coopération juridique.

La Division apporte notamment un soutien aux États membres dans le renforcement du principe de subsidiarité, qui est au cœur du système de la CEDH, et les capacités nationales d'exécution des arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme, y inclus en s'appuyant sur les technologies numériques ; elle fournit le Secrétariat au Réseau des coordinateurs nationaux de l’exécution des arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme (ExCN) et gère un réseau de Mécanismes Nationaux de Prévention européens ; elle soutient les États membres confrontés à des défis similaires, en s'appuyant sur les travaux intergouvernementaux pertinents.

Elle mène des activités et interventions ciblées qui comprennent, par exemple, le soutien à l'élaboration et à la mise en œuvre de la législation nationale, des recherches et conseils, des recommandations d'experts, l'offre de programmes de formation (y compris en intégrant des cours HELP pertinents), la collecte et la diffusion de bonnes pratiques européennes et la facilitation de partenariats entre différentes parties prenantes au niveau national et international.

La Division contribue à remplir le mandat du Service de la mise en œuvre des standards en matière de droits humains, justice et coopération juridique, en étroite coordination avec les autres Divisions du Service. Elle collabore également étroitement avec d'autres entités pertinentes du Conseil de l'Europe (organes de suivi et de conseil, coopération intergouvernementale et coopération technique). Les programmes de coopération mis en œuvre par la Division contribuent notamment à la mise en œuvre des documents de programmation du Conseil de l'Europe par pays/région, ainsi que des stratégies et plans d'action thématiques du Comité des Ministres (pour plus d'informations sur toutes les activités de coopération du Conseil de l'Europe, voir le site Internet de la Direction de la coordination des programmes du Conseil de l'Europe).