Le Secrétariat dirigé par un Directeur exécutif/une Directrice exécutive, placé sous la responsabilité du Secrétaire Général du Conseil de l'Europe, assure l'administration du Fonds.

Le Secrétariat d’Eurimages prépare les réunions du Comité de direction et du Comité exécutif et est chargé de l’application des décisions de ces deux organes. En contact avec les professionnel·les du cinéma, il examine l’éligibilité des demandes d’aide et assure le suivi des conventions de soutien. Le Secrétariat assure également la mise en œuvre et le suivi des initiatives, dont celles liées à la promotion, décidées par le Comité de direction.

Le Secrétariat constitue le principal point de contact pour obtenir des conseils et des informations sur la préparation d'une demande de soutien.