W cykl certyfikacji zaangażowane są dwa główne organy:

• Poszerzone Porozumienie Częściowe Rady Europy w sprawie szlaków kulturowych (EPA) które wspierane jest przez państwa członkowskie, reprezentowane głównie przez ministerstwa kultury, turystyki i spraw zagranicznych. Ostateczną decyzję w sprawie odnowienia lub przyznania certyfikatu „Szlak Kulturowy Rady Europy” podejmuje EPA.

• Europejski Instytut Szlaków Kulturowych (EICR) jest biurem doradztwa technicznego programu „Szlaki Kulturowe Rady Europy”. Utworzono go w ramach porozumienia politycznego między Radą Europy a Wielkim Księstwem Luksemburga. EICR wspiera EPA w koordynacji i zarządzaniu cyklami certyfikacji.