La plupart des agents sont affectés à Strasbourg, mais le Conseil de l'Europe a également un bureau de représentation à Paris et un bureau de liaison à Bruxelles :

- Le Centre européen pour l'Interdépendance et la solidarité mondiales à Lisbonne (Portugal),
- Le Centre de la Jeunesse à Budapest (Hongrie), et
- Le Centre européen pour les langues vivantes à Graz (Autriche).

Le Conseil de l’Europe dispose également de Bureaux extérieurs qui facilitent, entretiennent et renforcent les relations de travail entre le Conseil de l’Europe et les autorités nationales (gouvernement et parlement), les représentants de la société civile, les partis politiques, les médias et les membres de la communauté internationale.

Leurs activités permettent au Conseil de l’Europe d’influencer les réformes législatives et autres, de fournir une assistance spécialisée dans leurs domaines de compétence et de mettre en place des programmes de formation efficaces. Leurs initiatives sont coordonnées avec l’ONU, l’OSCE et l’Union européenne.

Cour européenne des Droits de l’Homme, Strasbourg	Palais de l’Europe, Strasbourg
Agora, Strasbourg	Direction européenne de la qualité du médicament et soins de santé, Strasbourg