Posjeta iz maja 2009. godine je omogućila uvid u napredak postignut od prošle periodične posjete obavljene u martu/aprilu 2007. godine. Delegacija CPT-a je detaljno istražila različita pitanja vezana za KPZ Zenica i KPZ Sarajevo, uključujući režim i tretman pritvorenika, kao i zatvorenike kojima je izrečena administrativna i disciplinska mjera (usamljenja i samice), te odjeljenje sa visokim stepenom bezbijednosti. U izvještaju je izražena posebna zabrinutost zbog činjenice da KPZ Zenica još uvijek nema potpunu kontrolu nad zatvorskim osobljem, zbog kombinacije različitih faktora: prenapučenost zatvora, velike spavaonice (kolektivi) i izuzetno malog broja osoblja. Nadalje, jedan broj preporuka je dat kako bi se poboljšala zdravstvena zaštita u zatvorima u Federaciji Bosne i Hercegovine. U izvještaju se takođe preporučuje da maloljetne osobe lišene slobode ne treba držati u ustanovama za odrasle osobe nego u posebnim objektima; ukoliko se maloljetne osobe drže u ustanovama za odrasle, one moraju biti smještene odvojeno i mora im se ponuditi odgovarajući režim.

Situacija u kojoj se nalaze forenzički psihijatrijski pacijenti je bila drugo ključno pitanje ove posjete. CPT je preporučio da se poboljšaju životni uslovi pacijenata u Psihijatrijskoj klinici Sokolac, te da se poduzmu mjere kako bi se povećao broj osoblja i uveli individualni programi tretmana za svakog pacijenta. Što se tiče Forenzičkog psihijatrijskog odjeljenja KPZ Zenica, CPT je pozvao vlasti da poduzmu neophodne mjere kako bi se poboljšali materijalni uslovi, tretman pacijenata, te povećao broj osoblja u ovom Odjeljenju, kao i da bi se obavila analiza kliničkih potreba svih pacijenata.

U svom odgovoru, vlasti su se pozvale na različite mjere poduzete kako bi se poboljšala situacija u svjetlu CPT-ovih preporuka. Što se tiče KPZ Zenica, dostavljena je informacija o poduzetim mjerama kako bi se zatvor učinio sigurnijim, uključujući upošljavanje dodatnih 50 zatvorskih službenika u službi obezbjeđenja. Takođe je spomenuto uvođenje zakonskih odredbi koje maloljetnicima omogućavaju služenje kazne u posebnoj ustanovi za maloljetnike, a koja se nalazi u drugom entitetu ili na državnom nivou. Poseban je naglasak stavljen na reakciju na državnu strategiju za borbu protiv zloupotrebe droge, koja obuhvata i odredbe o pružanju pomoći zatvorenicima sa problemom zloupotrebe droga.

U vezi sa Psihijatrijskom klinikom Sokolac, vlasti su dostavile informaciju o mjerama koje se trenutno poduzimaju kako bi se unaprijedili životni uslovi, te navode da svi pacijenti imaju individualni program tretmana. Takođe su dostavili informaciju o međuentitetskom sporazumu o smještaju i finansiranju smještaja za pacijente u Posebnoj bolnici za forenzičku psihijatriju Sokolac, te navode da će se ovaj objekat sada renovirati sredstvima koje je obezbijedila Švicarska kao zemlja donator.