Au cours de la visite effectuée en 2012, la délégation du CPT n’a pratiquement recueilli aucune allégation de mauvais traitements physiques infligés par la police aux personnes détenues; la quasi-totalité des personnes entendues par la délégation, qui étaient ou avaient été récemment placées en garde à vue, ont déclaré avoir été bien traitées. Toutefois, la délégation a recueilli quelques allégations isolées de recours excessif à la force (tels que des coups de pied, des coups de poing, un menottage serré) par des policiers au moment de l'interpellation de l'intéressé, alors qu'il était maîtrisé. Des recommandations sont formulées afin de renforcer les garanties contre les mauvais traitements des personnes détenues et de veiller à ce que toutes les personnes admises dans un commissariat de police soient soumises sans tarder à un examen approfondi par un professionnel de la santé.
 
Tout en se félicitant de la fermeture de locaux de détention de la police vétustes et hors normes et de l’ouverture de nouvelles installations, le CPT critique les conditions de détention dans certains établissements de police, en particulier le centre de détention d’Haapsalu. Le Comité recommande également de mettre définitivement un terme au fait d'accueillir les prévenus et les détenus condamnés dans les centres de détention de la police.

En ce qui concerne les prisons visitées, la délégation du CPT n’a pratiquement reçu aucune allégation de mauvais traitements physiques des détenus par le personnel ; néanmoins, la délégation a recueilli quelques allégations de recours inutile à la force lors de la gestion d’un incident. De plus, certains détenus des prisons de Viru et Tallinn, se sont plaints qu’ils avaient été victimes de violences entre détenus. A cet égard, la délégation a eu l'impression que le personnel faisait des efforts pour prévenir les incidents de cette nature. La visite a révélé un certain nombre de sujets de préoccupation, tels que de mauvaises conditions matérielles de détention et la surpopulation à la prison de Tallinn,  un régime appauvri pour les prévenus, et, à la prison de Viru, le recours excessif au placement à l’isolement – notamment à l’égard des mineurs – et l’insuffisance des ressources en personnel de santé. En ce qui concerne l’unique quartier de haute sécurité du pays (le soi-disant « Supermax ») à la prison de Viru, le CPT encourage les autorités estoniennes à poursuivre le développement du programme d’activités offertes aux détenus concernés, y compris des opportunités professionnelles.

Le rapport examine également le traitement ainsi que les conditions de vie des patients en hôpital psychiatrique et des résidents en foyers sociaux, et comprend une évaluation des garanties juridiques dans le cadre des procédures d'admission. De plus, il contient des recommandations concernant les conditions de détention dans les cellules disciplinaires de la caserne militaire de Tallinn.
 
Dans leur réponse, les autorités estoniennes fournissent des informations sur les mesures prises ou envisagées visant à mettre en œuvre les recommandations du CPT.

Le rapport relatif à la visite ainsi que la réponse ont été rendus publics à la demande des autorités estoniennes et sont disponibles sur le site Internet du Comité : www.cpt.coe.int