Plusieurs activités de coopération sont actuellement menées par le Conseil de l’Europe dans «l’ex-République yougoslave de Macédoine». Le Conseil de l’Europe est actuellement représenté par un bureau de programme qui a été établi pour la mise en œuvre des projets en cours.

Six actions sont actuellement en cours dans le cadre de la Facilité horizontale Union européenne/Conseil de l'Europe pour les Balkans occidentaux et la Turquie dans le domaine judiciaire, pénitentiaire, de la criminalité économique et de la traite des êtres humains.

«L’ex-République yougoslave de Macédoine» est également bénéficiaire de quatre programmes régionaux en Europe du Sud-Est, dont trois programmes conjoints entre le Conseil de l’Europe et l’Union européenne : (ROMACTED) qui apporte un soutien régional à la promotion de la bonne gouvernance et de l'autonomisation des Roms au niveau local, (JUFREX) qui soutient l'expertise judiciaire sur la liberté d'expression et les médias et (iPROCEEDS) qui, ainsi, renforce la coopération dans le domaine de la cybercriminalité, en ciblant les produits du crime sur Internet. Le quatrième programme, financé par le Fonds fiduciaire pour les droits de l'homme, offre une éducation aux droits de l'homme pour les professionnels du droit (programme HELP).