Le rapport rappelle que le CPT a, depuis 2006, maintes fois mis en lumière des problèmes structurels fondamentaux tels que l’absence d’une politique permettant de diriger des institutions complexes, l’inadéquation des procédures de signalement et du système de contrôle ainsi que le manque de gestion du personnel comme l’incapacité du personnel pénitentiaire à exercer sa fonction. Les constatations faites lors de la visite de décembre 2016 montrent que peu de progrès ont été réalisés pour s’attaquer aux problèmes relatifs au système pénitentiaire. En outre, les soins de santé prodigués à la prison d’Idrizovo sont totalement inadaptés et mettent la vie des détenus en danger ; l’absence de tout régime pénitentiaire approprié signifie que les détenus sont désœuvrés ; les conditions de détention observées dans plusieurs quartiers de l’établissement pourraient être considérées comme inhumaines.
Le rapport décrit en outre la façon dont un facteur pernicieux s’est répandu de manière tentaculaire à l’intérieur du système carcéral ; il s’agit de la corruption. Le CPT a constaté qu’à la prison d’Idrizovo chaque aspect de la détention se monnaye qu’il s’agisse du placement dans une cellule convenable, ou de la permission de sortie, de l’accès à des médicaments, à un téléphone mobile ou à des drogues.
Le rapport insiste sur le fait que les problèmes persistants des mauvais traitements infligés aux détenus, de la violence entre détenus, de la corruption et du manque d’activités proposées aux détenus de la prison d’Idrizovo sont intrinsèquement liés à la pénurie d’effectifs et au manque de formation et de soutien proposés au personnel pénitentiaire.
S’agissant du quartier de détention provisoire de la prison de Skopje (où est incarcérée la grande majorité des prévenus du pays), le CPT a qualifié le régime carcéral proposé aux prévenus comme étant empreint d’un passé répressif. Les prévenus sont confinés dans leurs cellules 23 heures sur 24 et ce pour des périodes allant jusqu’à deux ans sans avoir quoi que ce soit à faire en dehors de pouvoir lire, jouer aux cartes ou écouter la radio. Les conditions matérielles sont là encore critiquées.
Bien que la situation à la section fermée de la prison de Štip soit moins grave que celle qui prévaut à la prison d’Idrizovo, le rapport recommande, entre autre, qu’il est nécessaire de réduire le surpeuplement de certaines cellules, d’améliorer les conditions matérielles de détention et de proposer un régime comprenant des activités motivantes.
Le CPT conclue son rapport en affirmant qu’il « est temps que l’Etat de droit et la protection des droits humains soient pleinement appliqués dans le système pénitentiaire et que « l’ex-République yougoslave de Macédoine » respecte les obligations internationales qui lui incombent de coopérer avec le CPT. »
La réponse des autorités met l’accent sur le fait que divers programmes sont en cours d'élaboration afin d’améliorer le système pénitentiaire et affirme que chacune des recommandations du CPT sera prise en compte et suivie d'actions.
Le rapport et la réponse ont été rendus publics à la demande des autorités de « l’ex-République yougoslave de Macédoine ».