L’action du Congrès des pouvoirs locaux et régionaux en matière de migrations est essentiellement concentrée sur l’intégration des personnes migrantes et des résidents étrangers dans leurs communautés d’accueil (à la fois locale et régionale), et notamment leur participation à la vie publique et politique locale, la protection de leurs droits et leur accès aux différents droits sociaux et services publics (logement, éducation, emploi, soins de santé). Le Congrès tente également de favoriser le dialogue interculturel et interreligieux, en promouvant notamment les politiques municipales interculturelles, les conseils consultatifs de résidents étrangers au niveau local comme régional, ainsi que le droit de voter et de se présenter aux élections locales pour les résidents étrangers, lequel est garanti par la Convention sur la participation des étrangers à la vie publique au niveau local de 1992 du Conseil de l’Europe (Convention 144).
Le Congrès a ainsi émis différentes recommandations pour promouvoir l’intégration des migrants aux niveaux local et régional : recommandations sur la participation des résidents étrangers à la vie publique locale (2000), recommandation sur les conseils consultatifs de résidents étrangers (2002), recommandation sur un pacte pour l’intégration et la participation des personnes issues de l’immigration dans les villes et régions d’Europe (2004), recommandation sur l’amélioration de l’intégration des migrants par les politiques locales de logement (2008), recommandation sur l’égalité et la diversité dans l’emploi et les services municipaux (2009). Le Congrès a également participé à la mise en place du réseau CLIP (réseau de villes européennes pour une politique d’intégration locale), qui rassemble aujourd’hui près de 40 villes à travers l’Europe.
Le Congrès participe en outre à la (co)organisation de conférences relatives à la question de l’intégration des migrants aux niveaux local et régional : « La participation des étrangers à la vie publique locale » (Strasbourg (France), 5-6 novembre 1999) ; « Intégration et participation des étrangers dans les villes d’Europe » (Stuttgart (Allemagne), 15-16 septembre 2003) ; « L’intégration des résidents étrangers à la vie publique locale : enjeux et perspectives » (Strasbourg (France), 15 octobre 2010).
En 2006, le Congrès a dégagé 12 grands principes du dialogue interreligieux pour les collectivités locales, qui doivent servir de bases à tous les travaux futurs en matière de promotion du dialogue interculturel et interreligieux et de mise en place de relations interculturelles fructueuses au niveau local. Le Congrès a également émis des recommandations pour le développement de politiques municipales interculturelles (2009) et pour relever le défi des tensions interculturelles et interreligieuses au niveau local (2011). Enfin, depuis 2008, le Congrès travaille en étroite coopération avec le programme « Villes interculturelles », lancé conjointement par le Conseil de l’Europe et la Commission européenne.