Le Commissaire aux droits de l’homme est une institution indépendante au sein du Conseil de l’Europe ; sa mission est de promouvoir la prise de conscience et le respect des droits de l’homme dans les 47 Etats membres du Conseil de l’Europe. L’initiative de créer cette institution a été prise par les chefs d’Etat et de gouvernement du Conseil de l'Europe lors de leur deuxième Sommet des 10 et 11 octobre 1997, à Strasbourg. Le 7 mai 1999, le Comité des Ministres a adopté une résolution qui institue la fonction de Commissaire et définit le mandat du Commissaire. Le Commissaire actuel, M. Nils Muižnieks, a succédé à Thomas Hammarberg (2006-2012) et à Álvaro Gil-Robles (1999-2006).
Pour ce qui est des questions relatives aux migrations, le Commissaire s’est déclaré inquiet de plusieurs évolutions alarmantes dans le traitement des demandeurs d’asile et des réfugiés, mais aussi des migrants en situation irrégulière, et ce partout en Europe. En effet, les Etats européens réalisent des contrôles de plus en plus stricts aux frontières, espérant ainsi empêcher l’entrée de migrants sur leur territoire. De plus, les migrants (y compris les demandeurs d’asile) étant parvenus à pénétrer sur leur territoire de manière irrégulière sont considérés comme des criminels, aussitôt placés en centres de détention (lesquels s’apparentent de plus en plus à de véritables prisons), et expulsés le plus rapidement possible – même vers des pays où ils risquent d’être persécutés ou torturés. Cependant, il convient de rappeler qu’au regard du droit international, les migrants en situation irrégulière ne sont pas des criminels, et que ceux-ci jouissent de certains droits qui doivent être respectés.
Le Commissaire travaille en collaboration avec les différents Etats membres, les conseillant pour l’amélioration de la protection des droits de l’homme des personnes migrantes, la garantie de l’accès des migrants sans papiers et de leurs enfants aux soins de santé et à l’éducation, etc. Le Commissaire prône également le droit des migrants à une protection contre la détention arbitraire, ainsi que leur droit à ne pas être renvoyés dans des pays où ils risqueraient d’être maltraités ou torturés.
Il attire également l’attention des pays membres sur le fait que les enfants migrants sont l’une des populations les plus vulnérables aujourd’hui en Europe, et que ceux-ci n’ont souvent pas accès aux soins ou à l’éducation, et qu’ils courent le risque d’être exploités par des trafiquants ou passeurs sans scrupules. Le Commissaire Thomas Hammarberg est également intervenu en qualité de tierce partie devant la Cour européenne des droits de l’homme dans des affaires concernant l’expulsion de demandeurs d’asile vers la Grèce, ce en vertu du règlement Dublin II. Cette affaire a débouché sur l’arrêt pionnier M.S.S. c. Belgique et Grèce.