Les candidatures au Diplôme européen sont présentées au Conseil de l’Europe par les autorités nationales pertinentes et soumises à un Groupe de spécialistes qui doit se prononcer si l’espace en question est d'intérêt européen exceptionnel.

Une expertise sur les lieux peut être organisée pour examiner en détail les caractéristiques, l'efficacité des mesures de protection, la qualité de la gestion, les problèmes. Après cela, le Groupe de spécialistes décide s’il transmet ou non la candidature au Comité des Ministres, qui est l’organe habilité à décider d’octroyer le Diplôme européen à l’espace concerné. Dans la plupart des cas, la proposition du Groupe de spécialistes d’octroyer le diplôme est accompagnée de recommandations et, le cas échéant, de conditions pour améliorer la gestion ou le système de protection de l’espace.

Le Diplôme est doté d’un mécanisme unique de contrôle : un rapport est adressé tous les ans au Conseil de l’Europe par chaque gestionnaire d’espace diplômé. Le Diplôme est attribué pour une durée de 5 ans. Il peut être renouvelé pour une période de 10 ans, renouvelable de périodes successives de 10 ans. En cas de menace grave sur une zone ou de détérioration importante, une expertise extraordinaire peut être effectuée.